烘焙過的咖啡豆，很容易受到空氣中的氧氣產生氧化作用，使得所含的油質劣化，芳香味亦揮發消失，再經過溫度、溼度、日光等而加速變質。那麼，咖啡豆怎麼保存呢？咖啡豆的保存要求是密閉、低溫和避光。
如果未開封的咖啡豆可以放到冰箱裏，溫度降低，必然咖啡豆的氧化速度變慢。但，咖啡豆若是已開封了，就不建議放到冰箱中了，在影響咖啡重要的元素中，潮溼是對咖啡味道影響最大的，咖啡豆將會吸潮，味道將很大程度的變壞。
當袋裝咖啡豆打開包裝後，一定要把開口摺好，並用夾子夾緊，避免咖啡豆與空氣接觸。同時要封好袋口後，把袋子放入不透光的密封罐中儲存，不透光的罐子較能減緩氧化的速度。最後，將罐子放在乾燥陰涼的地方儲存。如今市面上不少的專門用來保存咖啡豆的真空罐，價格也比較便宜，是儲存咖啡豆的好用具。
另外，正確的舀取方式也會影響咖啡豆的質量，拿取咖啡豆時，切記用倒的，否則容器裏的二氧化碳將會被倒掉，再生勢必越來越難。正確的做法應該是使用長勺，伸到容器底部撈取豆子，如此纔不致於使二氧化碳快速流失。
