新鮮黃花菜中含有秋水仙鹼，可造成嗓子發乾、胃部燒灼感、血尿等中毒症狀，故不能生食，須加工曬乾，吃之前先用開水焯一下，再用涼水浸泡2小時以上，中間換一次水，鮮黃花菜就無毒了。食用時火力要大，徹底加熱，每次食量不宜過多。 金針菜適用於涼拌(應先焯熟)、炒、汆湯或做配料。不宜單獨炒食，應配其他食料。另外應選用冷水發制的較好。
