菌藻類主要指蘑菇、香菇、金針菇、木耳、銀耳等真菌類食物以及海帶、紫菜、裙帶菜、龍鬚菜等海藻類食物。它們都屬於比較“低等”的生物，有其獨特的成分，對健康有重要作用，《中國居民膳食指南2007》建議注意增加菌藻類食物攝入。
菌藻類食物富含蛋白質、膳食纖維、碳水化合物、維生素和微量元素。幹品香菇、蘑菇、髮菜、木耳等蛋白質含量在15%~20%或更多。以至於，有些教科書錯誤地把它們講成“高蛋白食品”。其實，菌藻類並不是高蛋白食品。因爲我們很少直接吃乾的香菇、蘑菇和木耳，通常食用的是鮮品或水發產品，水發後蛋白質含量多在1%~3%之間，與普通蔬菜相當。而且，一般每次吃木耳等大概也只有10克~20克(乾重)而已，獲得的蛋白質僅2、3克，亦與普通蔬菜相當。
與其他蔬菜不同，菌藻類含維生素C和β-胡蘿蔔素都很少，但B族維生素含量較普通蔬菜高。
海帶、紫菜、裙帶菜等海藻類含有大量的碘，每100g幹海帶含碘36mg(相當於一個成年人240天的碘推薦攝入量)。木耳等菌類碘的含量並不是很高。
除提供豐富的營養素外，菌藻類還具有明顯的保健作用。研究發現，菌藻類含有的多糖物質，具有提高免疫功能、抗腫瘤、降血脂的作用。香菇多糖、黑木耳多糖、褐藻多糖(來自海帶和裙帶菜)都已經被先後開發成藥品或保健品。
不過，也正是因爲海藻類含有大量的碘，所以，有甲狀腺疾病的人(包括甲亢、甲減、甲狀腺結節、甲狀腺瘤、甲狀腺癌、甲狀腺炎等)均應限制海帶、紫菜、裙帶菜等海藻類食物。
此外，菌類和藻類因爲細胞結構簡單，遺傳物質相對發達，核酸(分子中包含嘌呤)含量較多，故而不適合高尿酸血癥或痛風患者食用(此類人羣宜低嘌呤飲食)。
