非轉基因大豆油和轉基因大豆油最明顯的區別在於原料不同。轉基因大豆油是利用分子生物學技術，將某些生物的基因轉移到大豆中去，改造生物的遺傳物質，使大豆在性狀、營養品質和消費品質方面向人類所需要的目標轉變，以轉基因大豆提煉而來的食用油就是轉基因大豆油。而非轉基因大豆油是指用純天然大豆加工而成的一種大豆油，它的產地一般是我國東北地區。
非轉基因和轉基因大豆油另一個區別是安全性。轉基因大豆油基因在轉入過程中，由於不可預見的基因突變，可能會轉化爲會對人體產生危害的有毒蛋白質等諸多因素，雖然這個說法目前還沒有定論，不過人們爲了自身的安全一般會選用非轉基因大豆油。非轉基因大豆油就是人們千百年來一直食用的大豆油，經歷史驗證是安全的，可以放心食用。
非轉基因和轉基因大豆油最直觀的區別是價格不同。一般來說，一桶5升裝的非轉基因大豆油，相比轉基因大豆油的價格大約貴10元左右。
