中耳炎主要治療方案是選擇有效的抗生素藥物，常用青黴素、紅黴素、阿奇黴素、頭孢黴素等，要求劑量足夠、療程至少1周以上。其他尚有耳朵局部的處理措施，如清洗、引流膿液、耳用抗生素藥物滴劑和少量耳用粉劑等。
在醫生的指導下用抗生素，不宜擅自停藥，目前來說，若是兩歲以下的寶寶，使用口服抗生素對抗中耳炎，療程約爲10天；兩歲以上且無併發症者，則建議5～7日，但仍需視患者對抗生素治療的臨牀反應來調整。
此外，家長的配合度及孩子是否按醫囑服藥，如每日服用藥物的次數、劑型及味道等，都是影響療效的因素。故父母絕對要遵守醫生的指示。如果寶寶不喜歡藥水的味道，或是難以服藥，可選用味道較佳的糖漿型藥物，或是改以肌肉注射來代替。另外，需注意藥物服用完畢後，應再回醫院複診，以確定治療是否有效，是否需更換藥物，或是需更久的療程，治療一定要徹底，以免留下反覆感染，影響聽力的後遺症。
有30～70%的寶寶，在使用抗生素治療急性中耳炎10～14天后，會產生中耳積液，大部分的積液會在3個月內，自動經人體吸收、消失，對健康無太大的影響，不需過分擔心。如果寶寶只有中耳積液，沒有其他症狀，可建議先採用追蹤觀察的方式，即每1個月或1個半月，做1次耳鏡檢查；而在追蹤其間，應改善家庭環境，如儘量避免接觸環境裏的香菸；減少使用安撫奶嘴；不要躺着餵奶或餵母乳等。
家長需注意，如果經過1個半月的追蹤後，中耳積液情形仍未改善，就可考慮是否使用抗生素治療及評估聽力狀況。3個月後若中耳積液仍存在，建議做聽力測驗，若確定對聽力無影響，可以繼續觀察，或服用抗生素，並配合改善家庭環境來幫助寶寶。但此時如果聽力已受損且達20分貝以上，應使用抗生素治療或是做耳膜切開術放置引流管治療。如果4～6個月後仍有積液未消，且兩耳聽力皆喪失達20分貝以上，則兩耳均需做耳膜切開放置引流管的動作，並視情況是否需長期服用抗生素。
