不管怎樣先進的技術，它對人體的副作用一直都是存在的，主要副作用有：
1.會增加早期自發流產率高。可能與宮腔內授精越過了宮頸粘液對精子代孕嬰兒自然選擇過程有關。
2.由於宮頸管代孕嬰兒殺菌屏障被越過去了，增加了感染機會，有報道能引起附件炎和盆腔炎。雖然在整個精液處理、冷凍及人工授精過程中均嚴格按照無菌操作，但採集到代孕嬰兒精液本身並非絕對無菌。
3.若注入精液時壓力過高，速度過快，可引起子宮痙攣性收縮，表現爲女方下腹痛。
4.心理方面：性交方式代孕嬰兒改變對心理有一定影響；人工授精本身造成代孕嬰兒精神緊張與迫切要求妊娠心理對排卵活動代孕嬰兒規律性有一定代孕嬰兒影響。
5.可引起婦女對精子敏感性增加代孕嬰兒危險性。
6 .可能會引起出血和損傷.
