哮喘應與下列疾病作鑑別診斷：
異物阻塞。尤其是有單側哮鳴音，或原無呼吸道症狀病史而突然發生哮鳴的患者，應考慮其異物阻塞的可能性。吸氣相和呼氣相的胸部X線有助於對異物吸入的診斷：不透光異物通過X線檢查很容易發現；透光異物的X線顯示受累肺氣體排出障礙。可結合胸部X線檢查時吸氣和呼氣相膈肌矛盾運動，或縱膈移位矛盾運動，或縱膈移位做出診斷。
②先天性異常。血管系統先天性異常以及胃腸道或呼吸道先天性異常的患者，可能因氣管或支氣管受壓引起哮鳴音。可採用食管造影來鑑別疾病是否是由先天性異常引起的。
③呼吸道感染。累及會厭、聲門和聲門下的病毒性上呼吸道感染，通常會引起哮鳴的體徵和症狀，這些不同於哮喘的下氣道症狀和體徵。當懷疑會厭炎時，應直接檢查會厭，檢查時應特別小心，並作好在檢查時一旦發生急性氣道阻塞立即插管的準備。
④呼吸道病毒。呼吸道合胞病毒等病毒可引起細支氣管炎，其臨牀表現實際上與哮喘完全相同，也可能是以後哮喘發作的先兆。許多在嬰兒時期有細支氣管炎病史的患者會顯示肺功能異常、組胺或乙酰膽鹼支氣管激發試驗異常以及運動時肺功能異常。一般嬰幼兒感染呼吸道病毒的次數不超過兩次，因此，若患兒反覆出現氣道阻塞症狀，則應及時去哮喘科進行診斷，以免延誤診治。
