腎盂腎炎和膀胱炎是兩種不同器官組織的疾病，但有時有明顯的尿道刺激症狀、尿頻、尿急、尿痛、實驗室檢查顯示尿中有白細胞和紅細胞，尿細菌檢查陽性。因此，做好兩者之間的鑑別診斷對治療尤爲重要。
首先，腎盂腎炎多爲女性發病者，患者一般有尿路結石梗阻史或膀胱-輸尿管反流的急性膀胱炎沒有性別、年齡差異，男女都可以發病。女性患膀胱炎的原因多與婦科炎症有關，男性與前列腺疾病有關。其次，腎盂腎炎的發病率遠低於膀胱炎。腎盂腎炎發病時常有非常明顯的全身症狀，主要以體溫上升、白細胞總數和中性粒細胞上升爲典型特徵，患者常伴有發熱、怕寒、筋骨疼痛、頭痛、噁心等症狀。但膀胱炎除了嚴重的尿路刺激徵集(尿頻、尿急、尿痛)和排尿時有強烈的尿道燒灼感外，沒有明顯的全身症狀，只要身體沒有其他患者，血液常規就沒有明顯的異常，膀胱炎患者完全可以照常工作和學習。
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