結腸炎可能表現爲慢性腹瀉、粘膜潰瘍、腹水等症狀，可以根據症狀來進行鑑別診斷，具體分析如下：
1.慢性細菌性痢疾：表現爲慢性腹瀉、粘液膿血便，但常有急性菌痢史。從糞便、盲腸拭子、結腸鏡檢查時所取得的滲出物進行培養，可分離出痢疾桿菌。
2.慢性阿米巴腸病：往往有到疫地史，病變以右側結腸爲主，結腸鏡下可見粘膜潰瘍，潰瘍邊緣爲潛行性，介於潰瘍之間的結腸粘膜正常，糞便中可找到溶組織內阿米巴包囊、滋養體，用抗阿米巴藥物治療有效。
3.血吸蟲病：也可有慢性腹瀉腹痛，但有到流行區與疫水接觸史，糞便可檢出血吸蟲卵、孵化毛蚴陽性。結腸鏡下，可見到粘膜下黃色顆粒等典型表現，盲腸、乙狀結腸粘膜活組織檢查可找到蟲卵。此外病人往往有肝脾腫大、腹水等症狀，可以進行有效的抗血吸蟲治療。
4.克隆病：病變範圍廣，自食管至肛門的胃腸道均可發生病變。臨牀表現可酷似潰結，但往往無血便，以腹痛、粘液便爲多見，也可出現腸梗阻。病變呈節段性，病竈間的粘膜正常，纖維腸鏡檢查可明確診斷。克隆病、潰結統稱爲炎症性腸病，兩病的病變和臨牀表現有不同，但治療用藥是相似的。
5.結腸癌：多見於中老年，有便祕、腹瀉等大便習慣改變史，同時可出現貧血、胃納減退、便血、腸梗阻等症狀。X線鋇劑灌腸可發現腫塊；纖維結腸鏡檢查，不僅可以發現腫塊，還可以取活檢病理檢查，以明確是否有惡性細胞，並可進一步明確腫塊惡性程度。腸鏡是診斷結腸癌的最佳方法。
