極少急性發病，多數起病緩慢，病程較長，常反覆發作，間以長短不定的緩解期，亦稱爲慢性非特異性潰瘍性結腸炎。早期可出現腹痛、腹瀉和血便。主要累及直腸、乙狀結腸和降結腸，病理特徵爲粘膜充血、水腫、多發性淺表潰瘍，晚期腸壁增厚、腸腔狹窄並伴有息肉形成。臨牀上以頑固性腹瀉、粘液便、血便或膿血便、腹痛和裏急後重爲特點，並可伴有發熱、貧血、關節炎、皮膚病變和肝病等腸外表現。由於結腸肌肉痙攣、結腸膨脹和炎症刺激局部感覺神經，引起不同程度的腹痛。腹脹多侷限於左下腹或下腹部，呈陣發性的輕度疼痛。當病變嚴重時可呈現絞痛。
主要症狀：
腹瀉或便祕， 病初症狀較輕，糞便表面有黏液，以後便次增多，重者每天排便10～30次，糞中常混有膿血和黏液，可呈糊狀軟便。便血是較常見的症狀，主要由於結腸黏膜局部缺血及溶解纖維蛋白的活力增加所致。一般爲小量便血，重者可呈大量便血或血水樣便。腹痛多侷限左下腹或下腹部，輕症者亦可無腹痛，隨病情發展腹痛加劇， 排便後可緩解。裏急後重系由於炎症刺激直腸所致，並常有骶部不適。消化不良時常表現厭食、飽脹、噯氣、上腹不適、噁心、嘔吐等。全身表現多見於急性暴髮型重症患者，出現發熱、水電解質失衡、維生素、蛋白質丟失、貧血、體重下降等。
體徵：
左下腹或全腹壓痛，可捫及降結腸特別是乙狀結腸呈硬管狀，並有壓痛，有時腹肌緊張，肛診可發現肛門括約肌痙攣，指套有黏液或血性黏液分泌物，直腸有觸痛。有者可觸到肝大，此與脂肪肝有關。
鑑別診斷：
①慢性細菌性痢疾
常有急性菌痢病史，糞便培養可分離出痢疾桿菌，結腸鏡檢查時取粘液膿性分泌物培養的陽性率較高，抗菌藥物治療有效。
②慢性阿米巴痢疾
病變主要侵犯右側結腸，也可以累及左側結腸，結腸潰瘍較深，邊緣潛行，潰瘍間的粘膜多屬正常。糞便檢查可找到溶組織內阿米巴滋養體或包囊，通過結腸鏡取潰瘍滲出物作腸檢更易找到阿米巴滋養體。抗阿米巴治療有效。
③結腸癌
多見於中年以上，常經直腸指檢查可觸及腫塊，結腸鏡與X線鋇劑灌腸檢查對鑑別診斷有價值，須注意與潰瘍性結腸炎引起的結腸癌變區別。
④血吸蟲病
有疫水接觸史，常有肝脾腫大，糞便檢查可發現血吸蟲卵，孵化毛蚴陽性，直腸鏡檢查在急性期可見粘膜黃褐色顆粒，活檢粘膜壓片或組織病理檢查發現血吸蟲卵。
⑤腸易激綜合症
伴有全身神經官能症，糞便有粘液但無膿血，顯微鏡檢僅見少數白細胞，結腸鏡檢查無器質性病變證據。
⑥其他
腸結核、缺血性結腸炎、僞膜性腸炎、難辨梭菌性腸炎、放射性腸炎、結腸息肉病、結腸憩室炎等應和本病相鑑別。
