對於癲癇患者來說，一但藥物治療對控制病情不理想，就可以考慮進行手術治療，以達到控制癲癇發作的目的。由於癲癇是由於腦神經細胞反覆異常放電引起的各種症狀。而異常放電的起始區就是引起癲癇的癲癇竈，如果能夠利用手術的方法切除引起發作的癲癇竈，就可以根除癲癇，控制發作。
目前癲癇手術治療的種類可分爲三種。
(1) 局部切除手術：手術切除局部的或大塊的有致癲癇病竈的腦組織，
消除癲癇竈和癲癇源區。此類手術有前顳葉切除術、選擇性杏仁核海馬切除術、大腦半球切除術及病竈切除術。
(2) 阻斷癲癇發放傳播通路的手術：通過破壞癡癇發放的傳播通路，提高癲癇閾值，毀損癲癇的興奮機構來阻斷癲癇發作。常用的手術有胼胝體切開術和多處軟腦膜下橫切術。
(3)毀損和刺激術：有腦立體定向核團射頻毀損術，如杏仁、海馬、Forel - H區等及電刺激術如慢性小腦刺激術和迷走神經刺激術，刺激癲癇的抑制結構。另外，目前還開展X-刀，γ-刀等立體定向放射治療。
