女性發生習慣性流產可能是遺傳因素、母體患有疾病、免疫因素、內分泌因素等導致的。
1.遺傳因素：在習慣性流產的女性中，約有2%-4%與遺傳因素有關。比如有些女性是近親結婚，很容易導致胚胎的染色體結構與數目發生異常，從而影響到胚胎的正常發育，出現習慣性流產。
2.母體患有疾病：女性患有婦科炎症，如盆腔炎、輸卵管炎、子宮內膜炎以及患有內科疾病如腎病、甲狀腺功能低下等，都可能引起習慣性流產。此外，女性的子宮發育出現異常，或者出現先天性子宮畸形，比如子宮過小、子宮肌瘤、子宮內膜受損等，也都會造成習慣性流產。
3.免疫因素：如果母體的血型與胎兒的不合，胎兒會從父親方面獲得抗原，進入母體後產生抗體，抗體可通過胎盤而進入胎兒的血液循環，在紅細胞的作用下，可破壞溶血，嚴重時會導致胎兒死亡，引起流產。此外，還有一部分是由於母體的免疫系統將胎兒誤認爲是入侵的病毒而將其殺死，從而導致流產。
4.內分泌因素：想要維持胎兒正常的生長髮育，需要內分泌激素髮揮其調節和控制的作用，特別是孕酮，對維持妊娠有重要的作用，如果黃體功能不全，孕激素的合成變少，妊娠就難以維持，從而發生流產。
