影響人體癌胚抗原水平的因素很多，不良生活習慣、炎症性病變、異物增殖會在一定程度上增加癌胚抗原。這些因素可以增加癌胚抗原指數，但有一定的限度。癌胚抗原變動幅度大的主要原因是癌細胞繁殖。
通常，不良飲食、生活習慣、不良習慣導致癌胚抗原指數上升不超過10個基本部門。非癌症病理因素導致癌胚抗原上升一般不超過20個基本單位。細胞繁殖引起的癌胚抗原增高最高可達基本單位數十倍。即癌胚抗原指數12.5ng/ml，證實患者身體可能受到非癌症病理因素或癌細胞繁殖的影響。
致癌胚胎抗原指數大幅上升的疾病主要包括炎症性疾病、增生性疾病、器官退化性疾病三種情況。炎症性疾病主要包括結腸炎、肝炎、腎炎、肺炎等，增生性疾病包括直腸息肉等，退化性疾病主要包括肝硬化、腎衰竭等容易引起內臟器官纖維化的疾病。
值得注意的是，人體中癌胚抗原含量可能會受到疾病的影響提高，但癌胚抗原檢查不一定陽性。即使是腫瘤細胞產生的癌胚抗原，在檢查中表現陽性的概率也只有50%左右。其他慢性病因素誘發的癌胚抗原陽性概率更低。
還有一種特殊情況，是患者在進行腫瘤切除手術之後，體內癌胚抗原水平逐漸降低，直至恢復到標準以下。這個過程通常會在手術前後3-6周內出現。從數百個單位的癌胚抗原水平降低到5個單位以下的癌胚抗原水平，其間可能會出現癌胚抗原指數12.5ng/ml的情況，證明患者的身體正在逐漸恢復。但是，癌胚抗原恢復到標準線以下後，有再次上升的傾向，每升血液中癌胚抗原含量達到12.5ng/ml，證明癌症復發的可能性。
