目前抗病毒治療是慢性乙肝的根本治療方法。對於符合抗病毒治療的乙肝患者需行採用乙肝抗病毒治療藥物進行治療，才能實現疾病的康復。
抗病毒要講究時機，並不是所有感染乙肝病毒的人都需要治療。乙肝病毒攜帶者即使HBV DNA水平很高，只要肝功能正常，就無需進行抗病毒治療。但要堅持定期檢測，不能掉以輕心。2010年最新出版的《慢性乙型肝炎抗病毒治療專家共識》指出，HBV DNA水平超過1×104拷貝/ml和(或)血清ALT水平超過正常值上限， 肝活檢顯示重度至重度活動性炎症、壞死和(或)肝纖維化的乙肝患者都需要進行抗病毒治療。此外，肝活檢顯示重度至重度活動性炎症、壞死和(或)肝纖維化的患者，也應該立即開始抗病毒治療。
乙肝抗病毒治療藥物的分類
1、干擾素(普通干擾素，長效干擾素)
該類藥物的優點是有固定療程、不產生病毒耐藥、HBeAg,HBsAg血清轉換率高且應答持久、具有調節免疫和抗病毒雙重功效;缺點：需皮下注射、價格較高、不良反應較多等(流感樣症候羣、骨髓抑制、精神異常等)有妊娠、精神病、酗酒、失代償期肝硬化、甲狀腺疾病等禁忌症。
採用干擾素治療病情階段：病毒載量低於109、高ALT水平、HBeAg低滴度、女性、非母嬰傳播、病程短
2、核苷(酸)類似物
這類藥物的優點是：三性“有效性、易行性、安全性”，但是也有療程不固定、易發生病毒耐藥、停藥後易復發等的缺點。目前乙肝抗病毒藥核苷(酸)類似物有拉米夫定，阿德福韋酯，替比夫定，恩替卡韋，替諾福韋酯。
拉米夫定(賀普丁)優點：上市時間最長，療效確切，安全性好，不良反應少、價格便宜。缺點：持久應答率低、病毒耐藥率高。
阿德福韋(賀維力)優點：耐藥變異率低;缺點：抗病毒作用較弱，起效慢，有潛在的腎毒性。
恩替卡韋(博路定)優點：作用強，耐藥率低;缺點: 價格較貴，動物實驗有致腺癌風險。
替比夫定(素比伏)優點：作用強，HBeAg轉換率高;缺點：變異率較高，有肌酸激酶升高等副作用，上市時間短，抗病毒作用，長期療效和安全性都有待證實。
拉米夫定耐藥患者優先選擇聯合阿德福韋酯治療，不推薦交替使用阿德福韋酯和換用高劑量的恩替卡韋治療。阿德福韋酯耐藥患者可聯合拉米夫定、替比夫定或恩替卡韋治療。近年臨牀研究顯示，核苷類似物耐藥患者改用干擾素治療也可能是有效的治療方法。
3、中醫中藥
中醫中藥優點是作用機理全面，具有抗病毒、調節免疫、抗炎抗肝纖維化等多重作用，但是卻起效慢，抗病毒的速度難以和西藥相比。
乙肝抗病毒治療藥物原則
1、沒有哪一種藥物是完美的，適合的就是最好的
2、藥物的安全性及有效性
3、病毒產生耐藥的風險
4、治療的費用
5、患者的偏好、依從性
6、年齡、性別
乙肝抗病毒治療藥物注意事項
單純的乙肝抗病毒治療藥物會產生一些弊端，在乙肝患者在初治選擇療法的時候還是需要謹慎，主要注意以下幾點：
1、單純的抗病毒藥物僅能抑制病毒複製，不能完全清除病毒，也就是說它能夠控制病情進展，但不能完全治癒乙肝。甚至有少數患者對某種藥物不敏感，需換用另一種;
2、療程長(核苷類似物至少爲2年，甚至更長時間;干擾素爲1年)，藥物需按時應用，切記不能自行隨意停藥。在治療過程中需定期在專科醫生處就診，複查相關指標;
3、同大多數病毒一樣，乙肝病毒也容易發生變異，有許多患者未用藥也發生了病毒變異(如前C區變異);同樣在抗病毒治療的過程中，也有可能出現病毒變異，極少數可引起病情突然加重;
4、任何藥物都具有一定的不良反應甚至出現一些意外情況。核苷(酸)類似物最常見的不良事件有乏力、呼吸道感染樣症候羣、頭痛、腹部不適和腹痛、噁心、嘔吐和腹瀉、皮疹等;最嚴重的不良事件有乳酸性中毒、腎功能損害、肌酸激酶(CK)升高等。干擾素的不良反應相對更多。應當在專科醫生處定期隨訪，防範嚴重不良事件的發生。
