瘧疾一般不會遺留後遺症，但是治療不當會引起脾大、貧血、器官受損等。
1、脾大
瘧疾未及時治療，病情逐漸加重會誘發身體各個器官受到感染，但感染至脾臟時會導致脾臟腫大。
2、貧血
瘧原蟲可通過血液傳播，在血液內大量繁殖後，會破壞血液中血紅蛋白，導致血紅蛋白數量減少，誘發貧血。
3、器官受損
瘧疾對於人體各個器官都會造成不同程度損傷；感染至腎臟可誘發急性腎功能衰竭；感染至肝臟可誘發肝功能失常；感染腸胃道可誘發嚴重腹瀉，導致患者體內水電解質發生紊亂；感染者心臟可誘發心肌炎、心律失常。如果疾病屬於腦型瘧，患者精神會出現錯亂，進一步惡化，有伴有昏迷、定位性腦損害等。
