肛裂手術最常見的後遺症是肛門括約肌功能不全，通常出現在楔形切除括約肌的情況下。除此以外，肛門狹窄及肛門變形也是肛裂手術的後遺症。
1、肛門括約肌功能不全
肛裂手術可能會引起肛門括約肌功能不全。若肛裂病情較嚴重，需通過切除括約肌進行治療，若是做楔形切除括約肌，發生肛門括約肌功能不全的可能性會明顯增加。
2、肛門狹窄
肛裂手術也易引起肛門狹窄。患者在進行肛裂手術時，通常是用小刀切除患處，易留下瘢痕。若處理不當，會引起瘢痕性狹窄，若手術後出現化膿情況，會加大肛門狹窄發病率。
3、肛門變形
在切除外肛門括約肌的一側時，另外一側就有可能會出現變形。若肛裂合併複雜的肛瘻，手術後發生肛門變形的機率會明顯增加。
