大不列顛聯合王國的建議是膿腫抽吸或引流後藥物治療4~6周，如果膿腫未行引流，則需治療6~8周。一項回顧性研究發現，平均抗菌治療時間爲62天。當臨牀好轉，且神經影像上有實質性的改善時，纔可以考慮終止藥物治療。
CT掃描在監測膿腫轉歸意義重大，隨着時間的延長，膿腫的個數和大小逐漸縮小。我們不建議使用MRI來隨訪膿腫的大小，因爲異常信號通常會持續數月。膿腫處的強化可以持續好幾個月的時間。這種發現不足以作爲手術探查的指徵。
外科治療
一旦膿腫的診斷確立，需要聯繫神經外科醫師。在抗生素治療之前，進行鍼刺抽吸和外科切除都可以被用作膿腫的治療，同樣也能明確診斷。唯一的例外是當存在菌血症的時候，此時可以利用血液培養來選擇抗生素。和膿腫引流相比，外科切除較少復發。
總結
●腦膿腫成功的治療通常需要抗菌和外科引流相聯合 。
●我們建議對所有可能的腦膿腫患者實施經驗性的抗微生物治療 (Grade 1B)。抗菌療法(Antimicrobial therapy)應當儘可能早的給予，儘管應當在抽吸明確診斷之後進行。經驗性的抗菌治療方案要依據推斷出來的膿腫的來源和可利用的革蘭氏染色結果。
●當培養結果發現了病原學證據時，我們建議治療應當簡化並針對那個病原體而展開(Grade 1B)。
●我們建議治療至少持續8周，根據臨牀經過和CT檢查結果的明顯改善作爲評估依據(Grade 1B)。
●我們建議當明顯的佔位效應出現時，或精神狀態明顯降低時可以使用(Grade 2C)。
●腦膿腫的死亡率在0~30%。
●神經系統的後遺症中，癲癇發作最常見，見於30~60%的患者。
