一般情況下，複方消化酶不能長期吃。具體分析如下：
雖然複方消化酶能夠有效的改善消化不良的問題，但是不可以長期服用。服用複方消化酶的目的是改善消化不良等胃腸道不適，如果症狀已經消失，沒必要再繼續服用。如果用的時間過長，有可能會產生副作用以及毒性作用，危害身體健康。雖然複方消化酶並不是抗生素類藥物，不容易產生耐藥性，但如果長期不加節制的服用，出現這種情況的可能性將會明顯增加。如果產生了耐藥性，以後再服用這種藥物效果就會變得很差，甚至是沒有效果。
複方消化酶的副作用相對而言比較小，不過如果長期服用，有可能會產生一些不良的胃腸道反應，比如說嘔吐。有些人也會出現排便次數增多以及大便稀薄等不良表現。
