注射乙肝疫苗是預防乙型病毒性肝炎的重要途徑，檢測方法不精確、免疫反應太弱、乙型肝炎病毒亞型罕見、乙型肝炎病毒發生變異、免疫功能低下及免疫缺陷、已發生隱匿性感染這6大原因會造成乙肝疫苗無效。
1.檢測方法不精確：已經產生抗體的患者因檢測方法不先進或不靈敏會得出假陰性結果，使乙肝疫苗看起來無效。應當用較靈敏的方法，如酶聯免疫法或放射免疫法來重新檢測。
2.免疫反應太弱：機體對疫苗的免疫反應太弱，只產生微量的抗體，用先進的檢測方法仍未能發現表面抗體的蹤跡。
3.乙型肝炎病毒亞型罕見：乙肝疫苗是針對主要的病毒亞型而設，如病毒亞型較爲罕見，乙肝疫苗難以起到保護作用。
4.乙型肝炎病毒發生變異：乙型肝炎病毒容易發生變異，變異後的病毒生物特性發生變化，可使乙肝疫苗無法發揮作用。
5.免疫功能低下及免疫缺陷：晚期腎病、器官移植後、艾滋病感染者等免疫功能低下、免疫缺陷的患者注射乙肝疫苗後不易產生抗體。
6.已發生隱匿性感染：乙型肝炎病毒攜帶者體內有大量的乙型肝炎病毒的表面抗原，注射乙肝疫苗後不會產生表面抗體。
