藥物治療是甲亢最普遍的治療方法，俗話說“是藥三分毒”，對甲亢患者也不例外，況且藥物治療的療程較長，更容易出現不良反應，對於甲亢患者的不良反應主要表現在以下幾個方面：
白細胞減少：嚴重時可出現粒細胞缺乏症，以甲硫氧嘧啶最多，常見於開始服藥2~3個月，但也可見於全程中的任何時間。故在初治療階段應每1~2周隨訪白細胞總數和分類，減藥和維持階段可每2~4周測一次。如果出現突發的粒細胞缺乏症狀，常伴有咽痛、發熱、乏力關節痠痛等表現，應予以緊急處理。有的患者在服藥前就可能伴有白細胞減少症狀，可在嚴密觀察下試用抗甲狀腺藥物。
藥疹：多爲輕型，極少出現嚴重的剝脫型皮炎，一般藥疹可給予抗組胺藥物，如果不瘙癢，可繼續用藥。如果出現嚴重蕁麻疹可使用糖皮質類激素。
重症肝功能障礙：發生率較低，丙硫氧嘧啶最容易引起肝功能障礙，應特別注意，出現嚴重肝功能障礙時應停藥，改用其他治療方法。
