卡介苗接種後常見的就是接種部位出現紅腫，之後會轉化爲小膿包，並自行穿破，形成永久性疤痕。前後歷時2—3個月，這種屬正常反應。
接種卡介苗後有極少數人會出現嚴重皮疹，紫癜，休克等異常反應，這個時候要及時診治。
另外，接種中偶爾會發生下列反應：
1、淋巴結炎症：接種後1-2個月左右，頸部、腋下、鎖骨上下等淋巴結腫大。反應過強者，淋巴結腫大明顯，可形成膿瘍或破潰，或在接種處有小膿疤。皮內注射者反應往往較劃痕法者強，另外舊結核菌素(OT)試驗呈陽性者，接種後也可產生較強反應。
2、類狼瘡反應：與結核菌菌株剩餘毒力有關。
3、疤痕：因豐富的肉芽組織形成疤痕突起，有時呈疤痕瘤，多見於不作OT試驗而直接皮上劃痕接種者。這些過程一般會持續2個月。
接種卡介苗後還會常引起接種部位附近的淋巴結腫大（多爲腋下淋巴結腫大），這是正常反映，隨着接種部位的癒合，腫大淋巴結也會自行消退。可以用熱敷的方法促其消退，如果有膿瘍形成，可以請醫生用注射器將膿液抽出，促進癒合，一般不會對孩子的健康有影響。
