目前對於卵巢妊娠的病因，還沒有確切的研究結論，但不能排除下列因素：
一、排卵障礙。一些婦科疾病會引起排卵障礙，比如說盆腔炎等。這些炎症會引起盆腔及周圍組織發生黏連，使卵子排出受阻。
二、輸卵管管受到損傷。常見的就是因爲一些外部因素或先天發育造成的輸卵管皮纖毛無法正常活動，或者是引發輸卵管內蠕動，導致受精卵輸送路徑異常。
三、輸卵管表面條件利於受精卵着牀。當卵巢產生蛻膜組織時，或者其表面有內膜異位症病竈，這些都有利於受精卵的着牀。
四、機會論學說。這種情況就是說，遊動的精子精子恰巧發現了卵巢表面有一個可以與她結合的卵子，這相互結合，發生卵巢妊娠。
五、放置宮內節育器。放置宮內節育器，改變了宮腔內的環境，剛好遇到了前列腺素增加，或者是輸卵管逆蠕動，引起了卵巢妊娠。
六、輔助生育技術。體外受精的胚胎移植到女性體內後，容易發生異位妊娠。
