非淋菌性尿道炎是一種傳染疾病，在西方國家這種疾病發病率已超過淋病。非淋菌性尿道炎發病緩慢，病程較長，比淋病更容易引起合併症，一旦合併前列腺炎，治療將很困難。因此，非淋菌性尿道炎一定要及早治療，徹底康復，以免發生合併症。非淋菌性尿道炎用藥治療一定要連續用藥，不要間斷，停藥不能過早，藥量一定要充足。只有做到這些才能夠徹底的治療非淋菌性尿道炎這種疾病。
廣大的患者朋友們一定要切記，在治療時不要隨便聽信街上某些小廣告上的什麼藥可以治療，要上正規醫院治療。要根據患者的具體情況而定，而且在檢查時，患者不要向醫生隱瞞病史，也不要自己濫用抗生素藥物，以免延誤治療。要配合醫生治療，嚴格遵守醫囑，非淋菌性尿道炎是可以康復的。所以不要因爲治療病程的慢長而放棄了。
與其問非淋菌性尿道炎用什麼藥好，還不如日常中注意個人衛生以避免非淋菌性尿道炎的發生。在生活中要注意正常性生活的衛生，建立良好的個人衛生習慣。避免婚外性交、制止性亂現象。發現患有非淋的一定要及時到正規醫院就診，以免使得病情加重，導致併發症的產生，這樣更不利於您的健康。
非淋菌性尿道炎關發附睾、睾丸炎這類疾病，臨牀可見附睾及睾丸腫大，觸之發硬且疼痛明顯，陰囊水腫，輸精管變粗，抽取水腫之液體可分離出病原體。這是男性非淋球菌性尿道炎的主要併發症，其常與尿道炎同時存在。Reiter綜合徵：即關節炎、結膜炎、尿道炎三聯徵。爲非淋菌性尿道炎的部分合並症，可能還與遺傳因素或自身免疫有關。這些就是非淋菌性尿道炎引起的併發症。
非淋菌性尿道炎還會引起前列腺炎，非淋菌性前列腺炎是常見、複雜而又難治的併發症，有急、慢性之分，但大多數表現爲慢性過程，如後尿道、會陰、肛門等部位墜脹、鈍痛感，尚可放射到橫膈以下各部，從而亦可產生性功能障礙，如性慾衰減、勃起障礙等。如眼色素膜炎，該炎症可引起繼發性青光眼，視力更嚴重地受到損害，甚至失明。爲了避免這些情況的產發請及時到醫院就診。
