腸息肉一般沒有臨牀症狀，即使有，症狀也沒有特異性，因此腸息肉的確診主要依賴於特殊的器械檢查。臨牀上常用的有各種消化道內鏡、x線消化道造影、CT掃描等。
1、電子腸鏡:這是腸息肉最主要的檢查方法，實際上大部分腸息肉在腸鏡檢查中偶然發現。結腸鏡從肛門置入，可以檢查全部結腸以及終末端的小腸（末端迴腸）。在腸鏡下，可以清楚地觀察腸道的粘膜面，對隆起的息肉非常敏感，可以發現幾毫米以下的息肉。隨着消化內鏡技術的不斷進步，醫生不僅可以發現結腸息肉，而且可以發現息肉，而且能夠對息肉的類型進行初步判斷。對於結腸息肉來說，最重要的是鑑別具有癌變傾向的腺瘤性息肉和不會癌變的非腺瘤性息肉。日本醫生工藤提出了結腸息肉分型方法，已經廣泛應用到臨牀。根據這種分型，在染色內鏡、放大內鏡等先進技術的幫助下，醫生可以通過內鏡比較準確地判斷息肉的類型，進行相應的治療。在腸鏡下，可通過活檢確診息肉的病理性質。結腸鏡檢查不僅僅可以診斷息肉，而且是治療息肉的重要手段。
2、膠囊內鏡和小腸鏡：小腸息肉非常罕見，常常因爲腹痛或便血等症狀在進行膠囊內鏡或者小腸鏡檢查中發現的。膠囊內鏡是檢查人員口服內置攝像頭和信號傳輸裝置的智能膠囊，在消化道內運動拍攝影像進行腸道檢查的方法，主要用於診斷小腸疾病。膠囊內鏡檢查患者無痛苦，對大多數患者完成小腸粘膜的觀察，對小腸疾病的診斷具有重要價值。小腸鏡與結腸鏡類似，可以觀察小腸黏膜，並且可以對病變部位進行活檢，確定診斷。
3、x線消化道造影:以硫酸鋇爲造影劑，在x線照射下顯示消化道有無病變的檢查方法，主要有消化道鋇飲食檢查和鋇灌腸兩種方法。消化道鋇飲食檢患者口服硫酸鋇，主要用於檢查食管、胃和小腸，鋇灌腸時醫生將硫酸鋇從肛門灌入，主要用於檢查結腸。x線檢查只能發現一部分比較大的息肉。但是相對消化內鏡檢查，優點是安全，併發症少，而且病人因檢查帶來的不適比較輕微。
4、其他：隨着臨牀診斷技術的不斷進步，現在還出現了CT仿真結腸鏡，正電子發射斷層掃描（PET）等技術，也可以發現比較大的腸息肉。對息肉的性質作出不同程度的判斷。
