腸炎根據病原不同，一般應根據流行學史和臨牀表現初步判斷。腸炎的確診需要依賴實驗室檢查，常用檢查包括:
1、實驗室檢查
包括細菌培養、血小板計數、白細胞計數、大便培養、血液培養、細菌分型、厭氧菌培養、紅細胞計數等。
2、內鏡檢查
臨牀上大多數病變爲直腸和乙狀結腸，採用乙狀結腸鏡檢查。乙狀結腸鏡檢查很有價值，對於慢性或疑似全結腸患者，應進行纖維結腸鏡檢查。一般不清潔灌腸，急性期重者應禁忌，以免穿孔。內窺鏡檢查具有確診價值，通過直視反覆觀察結腸肉眼的變化和組織學的變化，瞭解炎症的性質和動態變化，也可以早期發現癌前病變，在鏡下正確收集病變組織和分泌物，排除特異性腸道感染性疾病。
3、數字化胃腸影像儀
數字化胃腸影像檢查對慢性胃炎、胃潰瘍、胃竇炎、胃腸息肉、胃癌等常見胃腸病例，確診率高達99.5%，爲臨牀治療提供客觀診斷依據，有效防止誤診、漏診等情況。
4、放射學鋇劑檢查
臨牀靜止期可進行鋇灌腸檢查，判斷近端結腸病變，克隆患者應進行全消化道鋇飲食檢查，氣鋇雙重對比法容易發現粘膜淺表病變。常規鋇灌腸x線檢查顯示①輕度潰瘍性結腸炎患者，x線檢查陰性，中度和重度患者有典型表現。②結腸壁邊緣呈鋸齒狀突出的鋇影和軌道狀褶皺相。③充盈缺損，形成假息肉，少數病例結腸壁纖維化和息肉增生，腸腔狹窄。④腸袋消失或變淺，腸縮短僵硬，甚至像水管一樣。⑤雪花徵:由於微小潰瘍和糜爛，附着鋇劑、鋇斑點，氣鋇雙重造影像雪。⑥排鋇異常。⑦直腸後間隙增大達2cm以上，表明直腸和直腸後組織有嚴重炎症。⑧要注意結腸癌的有無。
