凡病情危重、手術後、老年慢性病患者，尤其是接受大劑量抗生素治療後，突然發生腹瀉、腹痛者，均要考慮假膜性小腸結腸炎，如大便爲水樣便，並伴有發熱等症狀，應高度懷疑本病的可能。最終確診依賴於病原學和組織學檢查。常規檢查如下:
一、實驗室檢查
1、細菌培養:在37℃厭氧環境下培養24~48h。培養結果爲陽性，必須進行毒素鑑定。由於少數正常人可以攜帶難以區分梭狀芽孢桿菌，該菌株不產生毒素。
2、毒素鑑定：爲診斷假膜性小腸結腸炎的金標準，主要採用組織細胞培養法，該法最爲敏感和特異，但臨牀實施較困難。酶聯免疫吸附法(ELISA)雖然對細胞培養不敏感，但迅速、簡單、經濟，現已應用於臨牀。
3、抗毒素中和試驗:機制難以區分梭孢桿菌毒素的細胞毒作用，以區分梭子孢菌素中和，稀釋抗毒素後在室溫或37℃時發生中和現象。
二、其他輔助檢查
1、內鏡檢查:診斷假膜性小腸結腸炎的快速可靠方法。內鏡下可將PMC分爲3種類型:①結腸炎模型:粘膜充血、浮腫，呈非特異性結腸炎模型，多見於病情輕、病程早、治療及時的患者②輕型:粘膜充血、浮腫爲主，可見假膜爲白色斑點狀、跳躍分佈、周邊紅暈、紅暈之間粘膜正常、病程早期多見③重型:可見許多斑片狀或地圖狀假膜，假膜爲黃、黃白色或黃褐色，不易剝離，勉強剝離或脫落後容易出血，其剝離面像糜爛性胃炎的內鏡表現，多見於病情重、病程晚期、治療不及時的患者。
2、x線檢查:腹部x線平片可見結腸擴張、腸腔積液和指壓痕跡。氣鋇灌腸雙重造影可見結腸粘膜紊亂、邊緣刷狀、粘膜表面有許多圓形或不規則結節狀的影響，也有指壓痕跡和潰瘍症。
