目前，男性尿道炎治療方法主要有兩種：尿道炎微波治療儀、非淋介導療法治療非淋，但前一種治療方法被使用更爲普遍，同時也被很多醫院推薦爲首選療法。
微波治療儀是將微波、紅外、離子導入融爲一體的先進治療設備，具有熱量輻射範圍大、殺菌滅菌作用強、適應範圍廣的突出優點，而引起尿道炎各種致病菌均具有耐寒不耐熱的特性。微波熱療可將輻射溫度控制在45－50攝氏度之間，20分鐘左右即可使細菌死亡，並可在醫師的控制下，同時對前列腺及後尿道各相鄰部位進行照射。精選的抗菌消炎藥物可在離子狀態下同時導入。
紅外光波則以更大的傳導能力加強治療的效果。這種以熱療爲主體，配套療法和精選藥物相結合的綜合治療，可有效殺滅各部位的細菌和病毒，促進血液循環，增強新陳代謝，並可促使機體免疫力的恢復和提高。經過規定療程的治療，可以有效清除細菌病毒，並可消除尿道炎引起的炎症擴散和蔓延，有效解決了容易復發的問題。
男性尿道炎多采取以抗生素治療爲主的綜合治療。
（1）去除誘因去除誘發非特異性尿道炎的各種因素如尿道口梗阻、鄰近器官炎症等。注意性生活衛生，及時治療感冒，疲勞後注意休息。
（2）抗生素應用使用氟哌酸或複方新諾明等藥物。
（3）輔助治療：①急性期應多飲水以增加尿量，對尿道起沖洗作用；②有尿頻、尿急及尿痛時，可服用解痙藥物，如黃酮哌脂或特託羅定；③服蘇打片調節尿液pH值以減輕症狀；④老年女性患者反覆發作本病者可適當補充雌激素治療。
（4）中藥治療清熱利溼，解毒通淋。可選車前子9g、木通9g、瞿麥9g，滑石15g，生地18g，淡竹葉12g，匾苔9g，甘草梢6g，煎湯口服，連服7天。
