在小兒麻痹症的早期，患兒易發生肌肉萎縮及肢體癱瘓，但此時癱瘓的肢體並沒有出現畸形。隨着病程的延長，肢體畸形也隨之出現。小兒麻痹症可引起殘疾主要由於以下幾個原因。
首先，由於支配肢體的部分肌肉癱瘓，從而造成不同肌肉之間的力量不平衡所引起。例如支配足外翻的肌肉癱瘓，而支配足內翻的肌肉未癱瘓，就容易造成足兩邊的力量不平衡，內側有力，外側無力，因此而產生足內翻。
其次，患肢關節周圍的軟組織攣縮，造成畸形。例如患肢膝關節後面的軟組織攣縮，久之會造成膝關節屈曲伸不直的畸形。
第三，不正常的行走等負重活動，會加重畸形。例如上述肌肉不平衡或軟組織攣縮的畸形，在早期沒能得到有效糾正，一直在不正常姿勢下行走或其他活動，進而導致畸形加重。
第四，肢體的廢用不活動也是畸形的一大重要原因。發病後患兒往往因爲肢體癱瘓而不活動，從而造成患肢的骨骼、肌肉及其它軟組織的發育遲緩，甚至退化，而出現患肢短小、細瘦、關節鬆弛，甚至發生脫位。
