三個月寶寶消化不良能否自愈，需結合消化不良的原因、病情嚴重程度及個人體質等因素進行分析，輕症一般可以自愈。
若孩子偶爾出現消化不良，精神狀況良好，可能是因腹部受涼或餵養不當所致。三個月的寶寶胃腸道功能發育尚未完善，且消化酶活力較低，易引發菌羣紊亂，腸道蠕動也會出現異常，不注意飲食或腹部受涼很易引起消化不良。只要及時調整飲食結構，避免腹部持續受涼，症狀多半都能自行恢復。
少數患兒消化不良的症狀較爲嚴重，伴有明顯腹瀉、腹脹或腹痛等現象，且持續時間較長，已經影響正常進食及精神狀態，甚至引起嚴重的併發症。這種情況多半都無法自愈，需遵醫囑應用藥物治療，避免病情進一步加重。
