非淋菌性尿道炎會復發，其誘因多與症狀不顯着、治療不當、混合感染等因素有關。
1、症狀不顯著
非淋菌性尿道炎潛伏期較長，患者自覺性症狀不明顯，易被忽視，僅通過改善不良生活習慣，緩解表面症狀，複發率較高。
2、治療不當
非淋菌性尿道炎易反覆發作，需要進行規範性治療，由於某些原因不。就選擇小診所就診，用藥不規範，影響療效，導致反覆發作；也有部分患者治療期間症狀改善或消失，隨意停藥，療程不足，病情也易復發。
3、混合感染
非淋菌性尿道炎致病菌包括：生殖支原體、真菌、沙眼衣原體、單純皰疹病毒。大部分患者同時感染多種病原體。衣原體尿道炎混合感染者爲23.4%；支原體尿道炎混合感染者爲27%。僅消除一種致病菌，其他致病菌未消除，適宜條件下再次發作。
