長期使用硅膠耳塞對耳朵有一定的傷害，可能會引起外耳道皮膚溼疹、炎症感染、外耳道炎等不適症狀。
長時間佩戴耳塞，會影響外耳道通氣，若未定期更換耳塞，可能會引起外耳道潮溼、耳道真菌感染，或因耳塞異物的刺激性因素，導致耳道內引流不暢，誘發外耳道溼疹，出現充血、粘性分泌物、破潰、潮溼、反覆瘙癢等症狀。
由於耳朵皮膚沒有皮下組織，皮下爲堅硬的骨質，長期使用耳塞會反覆摩擦、刺激外耳道皮膚，並對耳軟骨造成一定壓迫，可能會造成一定傷害，比如引起外耳道炎症、感染、嚴重性腫痛等症狀。
且耳塞沒有經過嚴格的消毒，若本身耳朵部位有傷口，可能會造成傷口感染，形成外耳道炎症，因此需避免長期佩戴耳塞。
