癲癇疾病給患者帶來很大困擾，很多對於經過系統、多種藥物聯合治療，發作仍然不能控制的患者，會選擇手術治療，通過開顱手術直接切除癲癇病竈或阻斷傳導通路，但手術治療都會存在一定的危險性，需要患者慎重考慮。
一、麻醉的危險性
麻醉藥物過敏、休克、急性心肌梗塞或心率不整、心臟衰竭、肺水腫、急性腦中風等。
二、手術的危險性
1、術中術後出血：可能會併發硬膜外、硬膜下及腦出血，另外即使術中止血非常仔細徹底，原致癲癇區切除處仍可能併發術後出血。術後的出血有時必須再做緊急開顱手術取出血塊。
2、腦腫：腦組織由於術中長時間牽引或局部血流受到影響，有時術中或術後會有腦腫現象，這種情況在以腫瘤爲致癲癇原因的病患尤爲明顯。
3、感染：任何手術只要造成傷口，就會有傷口感染之可能。糖尿病、肥胖及合併其他內科疾病之病人較易發生。
4、神經功能障礙：有些癲癇手術若造成某些重要供應血管痙攣或收縮，會導致術後病患有偏癱現象，一般是暫時性，只要術後發現立即給予抗血管收縮藥物並配合復健，大部份病患都可以回覆原來肢體功能。
雖然癲癇手術會有一定的危險性，但也不能因此而放棄治療，患者需要到正規醫院進行專業的術前評估，權衡手術的利弊。
