甜瓜蒂有毒，當用它進行催吐時，有副作用是一定的。且其催吐效果是因人而異的，在不同體質的人身上有明顯的個體差異，自行服用有一定的危險性，一般醫生都不會建議用甜瓜蒂催吐。
甜瓜蒂中含有葫蘆素和甜瓜毒素，這兩種都是毒性大的氰苷類化合物，口服過量時，甜瓜所含氰化物可與體內氧化型細胞色素氧化酶三價鐵結合，抑制細胞色素的氧化作用，使細胞出現缺氧情況，最終導致窒息而死此外，甜瓜毒素和葫蘆素對胃腸道粘膜有劇烈的刺激作用。
服用甜瓜蒂有副作用，其一可能會引起中毒反應，主要表現爲劇烈嘔吐、胃部灼痛、嘔吐物含血和膽汁；腹瀉、腹部不適、大便呈水樣；口乾、無尿；煩躁不安、神志不清。嚴重者脈搏細弱、電解質紊亂、血壓下降、接着脫水、昏迷，心電圖顯示心肌損害，最後因呼吸麻痹而死亡。其二是可能引起藥疹，主要表現有皮膚灼痛、紅斑、壓之褪色，有觸痛。
當甜瓜蒂催吐出現副作用時，若表現爲嘔吐不止，可用半夏5g、甘草6g，水煎2次，合在一起。每3小時服1次，2次服完；用一些藥物治療嘔吐現狀，如服用嗎叮啉片；用1：5000高錳酸鉀洗胃，然後口服藥用炭，吸附未被吸收的毒物；靜脈補液，促進毒物排出體外，糾正電解質紊亂情況。若出現藥疹，可以塗些地塞米松，或服用葡萄糖酸鈣、維生素C片。
