除一般支持療法外，要注意保持環境安靜、空氣新鮮，以減少痙咳發生的誘因；對嬰幼兒要注意吸痰，以防窒息；及早應用抗生素治療，一般可採用紅黴素 、氯黴素、氨基苄青黴素、卡那黴素以及複方磺胺甲基異惡唑（複方新諾明）；重症患者應短期應用皮質激素；若有併發症，應作相應處理。
1、一般治療：按呼吸道傳染病隔離保持室內安靜、空氣新鮮、溫度適當，注意避免誘發患兒痙咳的因素，進食營養豐富，易於消化的食物，注意補充各種維生素和鈣劑。鎮靜劑能減少患兒因恐懼、憂慮、煩躁而誘發的痙咳，同時保證睡眠，可服用異丙嗪(非那根)每次1m/kg、苯巴比妥等。咳嗽劇烈可用鎮咳藥，若痰液粘稠可用霧化吸人。如驚厥時用安定、複方氯丙嗪或苯巴比妥等藥物止驚。小嬰兒痙咳嚴重時應有專人守護。發生窒息時及時吸痰或作人工呼吸和給氧，如發生腦水腫，及時進行脫水治療，防止腦疝出現。
2、抗菌治療：卡他期應用抗生素可以減輕甚至不發生痙咳，進入痙咳期後應用，則不能縮短百日咳的臨牀過程。但可以縮短排菌期及預防繼發感染，首選紅黴素，百日咳桿菌對紅黴素敏感，能滲進呼吸道分泌物中達到有效濃度，劑量：每日30～50mg/kg，口服或靜脈滴注。7～14爲一療程。近年一些新的大環內酯抗生素如羅紅黴素每日5～10mg/kg，分2次口服，7～10天爲一療程。阿奇黴素每日10mg/kg，一次頓服，3天爲一療程。後兩者具有抗菌作用強，胃腸道反應較少等優點，可酌情選用。氨苄青黴素臨牀療效差，氯黴素，雖有較好療效，但偶可引起粒細胞減少。
3、併發症治療：合併支氣管炎或肺炎時給予抗生素治療，單純肺不張可採取體位引流、吸痰、肺部理療等，必要時用支氣管鏡排除局部堵塞的分泌物。
合併腦病時可用複方氯丙嗪或苯巴比妥鈉抗驚厥治療。出現腦水腫可用20%甘露醇，每次1g/kg靜脈注射，必要時尚可用地塞米松靜脈滴注。免疫球蛋白可用於腦病患兒，亦可使痙咳減輕，內含高價抗毒素及特異免疫球蛋白，用量15ml/kg，靜脈注射，72小時內見效。
4、中醫治療：中醫稱百日咳爲“頓咳”、“鷺鷥咳”、“疫咳”。
辨證施治法則：
(1)初咳期(外感風熱)：宜疏風清熱、化痰降氣。常用桑菊飲加減：桑葉、菊花、薄荷、杏仁、桔梗、連翹、蘆根、甘草等。高熱加生石膏、黃芩、山梔，痰多加天竺黃、川貝。
(2)痙咳期(痰熱閉肺)：宜清熱化痰、肅肺降逆。常用麻杏石甘湯、瀉白散合溫膽湯加減：麻黃、生石膏、杏仁、甘草、竹茹、半夏、陳皮、枳殼、茯苓、桑皮、地骨皮。若汗出熱盛者，重用生石膏、黃芩、知母。伴目睛出血者，加青黛、白茅根、玄蔘。痰多粘稠者，加天竺黃、海浮石。
(3)恢復期(肺脾兩虛)：宜益氣養陰、補肺健脾。用人蔘五昧子湯加減：人蔘、白朮、茯苓、甘草、麥冬、五味子等。若氣虛爲主，加黃芪、生牡蠣，如咳嗽仍重，加款冬花、紫苑、地骨皮、川貝等。 >>小寶寶百日咳的症狀和治療方法
5、急救措施
驚厥時用安定、複方氯丙嗪或苯巴比妥等藥物止驚，痙咳、痰液粘稠發生痰阻窒息時立即吸痰或人工輔助呼吸。
