一、避免誘因
首先要控制廣譜抗生素的應用，避免通用，減少長期應用，因病長期應用者必須間隔一定階段加入抗真菌藥物，防止腸道菌羣失調引起的病性真菌過度生長。其他對慢性病患者加強營養，提高身體抵抗力的糖皮質激素和免疫抑制藥的免疫功能有助於減少患者口腔和腸道粘膜生理屏障的完整性，減少創傷等防止真菌性腸炎的發生。
二、防止真菌污染，治療原發病竈
惡性腫瘤和血液病房應保持通風良好和乾燥，防止真菌繁殖，增加外源感染機會。對艾滋病等免疫功能抑制患者，及時發現和治療鵝口瘡等部位的真菌感染，以免繼發黴菌性腸炎。對行靜脈營養的患者，以及接受血管管道檢查和手術的患者，嚴格執行無菌操作，防止黴菌性醫院內感染。
三、藥物預防
對於艾滋病患者、腸道手術和器官移植術患者等高危人羣，可以給予短期足量或長期少量的藥物預防。
1、血液病和惡性腫瘤患者:制黴素每天口服200萬u，連續5~7天，每月可應用1次。
2、艾滋病患者:氟康唑或伊曲康唑每天口服100~200mg，每月口服5~7天，或者兩性黴菌素b每週口服100mg，用黴菌素懸液漱口3次/d，長期持續。
3、器官移植和腸道手術患者:制黴素50萬U、3次/d、口服或氟康唑每天口服200mg，術前3天和術後7天連用。
4、低體重新生兒或早產兒:氟康唑口服12.5mg/kg。連續服用4~8周預防新生兒念珠菌腸炎。
5、預防復發:真菌性腸炎，特別是副孢子菌腸炎治療後容易復發，艾滋病患者和其他伴隨免疫功能低的慢性病患者更是如此。預防兩性黴素B50mg，每週靜脈滴注1次，伊曲康唑200mg，口服1次/d，用藥期間每月檢查肝功能1~2次，注意藥物毒副作用。
