脣齶裂的發病原因至今尚未完全明確。一般來說，1.營養不足的特別是維生素不足是脣齶裂畸形的重要因素。懷孕前3個月，營養不良和維生素不足的歷史(包括過度嘔吐)，有可能使胎兒脣裂。2.藥物影響反應停止、阿司匹林、抗生素和皮質激素類藥物，提高胎兒畸形的發生率。 3.情緒影響有人認爲在脣齶發育的關鍵時刻，孕婦生理或情緒上的緊張，易致胎兒畸形，這與母體內皮質激素分泌增加，因而抑制了纖維母細胞的發育有關。 4.病毒感染 也被認爲是致病因素。妊娠初期患風疹，容易引起胎兒畸形。這在1940年澳大利亞風疹流行中已得到證實。但是否是風疹病毒本身，還是由於間接因素造成畸形，則有待進一步證實。5.遺傳因素 脣齶裂畸形的發生常與遺傳有關。我們可以在一個家庭中發現一個以上的畸形患者，在諮詢家族史上也可以發現直系或旁系親屬中有同樣的畸形。文獻的最高數字是Fogh-Anderson報告的脣裂有27%的遺傳率，脣齶裂同時存在達到41%，單純齶裂的遺傳率爲19%。Barsky(1950)的統計爲5%。宋儒耀(1957)統計爲4.3%。這些數據差異很大，需要進一步統計。但更重要的是遺傳學本身的變異結果。這些遺傳性因生活條件和新陳代謝的變異而變化，決不會繼承給子孫。另外，放射能也會引起胎兒畸形。也就是說，胚胎髮育第4~8周，由於某種原因影響第1、2腮弓的正常發育，脣裂發生的第8~12周，有可能出現齶裂。
