在使用口服避孕藥進行避孕的過程中，無論是長期複方短效、長期避孕片還是臨時探親避孕藥，如果漏服或不按規定服用，都可能導致避孕失敗，在不知不覺中
懷孕的人一定很關心：口服避孕藥會影響胎兒的發育嗎？孕期用藥，主要是通過母嬰物質交換的重要器官——胎盤影響胎兒。已知激素對胎兒和新生兒有不良影響，有毒、致畸、致癌。雄激素和合成孕酮(如甲基孕酮、氯基孕酮)，特別是睾酮衍生的合成孕酮(炔諾酮)，可引起女性男性化，表現爲外生殖器異常，如陰蒂肥大、陰脣融合粘連等。雌激素不僅會導致男性女性化，還會刺激腎上腺增加雄激素產量，使女性男性化。先天性心臟病的發病率也增加了2~3倍。
口服避孕藥是否會對遺傳和後代產生不會對遺傳和後代產生不良影響。有人認爲口服避孕藥會增加染色體畸變率，尤其是染色體斷裂率。連續服藥或停藥後幾個月內受孕者自然流產率增加，這些流產兒染色體畸變率高。但也有資料顯示，孕前或孕期服用過避孕藥的人與未用藥的人的畸胎率相比，兩組沒有明顯差異。關於口服避孕藥對子代的影響，爭議。鑑於我國廣泛使用的短效避孕劑量僅爲原劑量的1/4，一般認爲相當安全。
