在臨牀上，肛瘻患者要吃的藥物主要有以下幾種：第一，潤滑腸道，軟化大便的藥物，比如說乳果糖口服溶液，麻仁丸，舒泰清等等。因爲大便乾結，排便困難，有可能誘發肛瘻的發作。第二，治療腹瀉的藥物，比如說蒙脫石散，黃連素等等。因爲頻繁的腹瀉也會誘發肛瘻的發作。第三，抗生素，因爲肛瘻發作，也就是發生炎性感染，一般需要積極的口服抗生素，比如說頭孢類抗生素，比如說喹諾酮類抗生素。當然還可以應用硝基咪唑類抗生素，比如說頭孢克肟，頭孢克洛，頭孢他啶，環丙沙星，氧氟沙星，甲硝唑，奧硝唑等等。第四，抗過敏藥物，因爲肛瘻會引起肛周的瘙癢，有時候可以口服氯雷他定。以上方案僅供參考，具體藥品使用請結合自身情況在專業醫生指導下用藥。
