初期肛瘻可以吃乳果糖口服溶液、蒙脫石散、頭孢類抗生素或硝基咪唑類抗生素等藥物進行治療。
在臨牀上治療肛瘻的藥物，主要有以下幾類：1、軟化大便的藥物，比如麻仁丸，比如乳果糖口服溶液或者舒泰清。因爲大便如果很乾燥，排便很困難，很容易引起肛瘻的發作。另外，在肛瘻發作過程中，如果大便乾結也會引起疼痛的加重。2、止瀉藥，比如蒙脫石散，同樣的道理在肛瘻發作過程中，腹瀉會引起肛瘻症狀的加重。3、抗生素，比如頭孢類抗生素或者硝基咪唑類抗生素，臨牀上應用比較多的是頭孢克肟，或者甲硝唑，或者奧硝唑，或者莫匹羅星軟膏，或者夫西地酸乳膏等，具體藥品使用請結合自身情況在專業醫生指導下用藥。
肛瘻發病初期有大量膿液，顏色爲黃色、粘稠、糞便氣味較重。隨着病情的發展，膿液逐漸減少，時有時無，稀淡如水。如果患者過於疲勞，膿液會增多，糞便會流出。有時瘻管可以暫時閉合，但很快患者就會出現發燒、局部腫脹和疼痛。如果關閉的外口再次破裂，膿液流出後症狀將逐漸消失，常見臨牀症狀：1、膿液不斷刺激肛門周圍的皮膚，導致肛門潮溼和瘙癢；2、如果膿液積聚，引流不暢，就會出現腫脹和疼痛；3、當膿液積聚到一定程度時，瘻管破裂，膿液流出；4、肛瘻瘻口長期不愈，可以引起肛門直腸周圍形成纖維化的瘢痕，引起大便排出困難。
肛瘻患者應注意不要吃辛辣刺激性食物，多吃新鮮蔬菜水果。便前和便後都可用溫開水坐浴，以減輕疼痛，保持肛門周圍清潔。
