由於宮腔內人工授精需要將精子注入宮腔，可能會導致生殖道感染。國外已有宮腔內人工授精併發盆腔感染的報告，但發生率較低。此外，由於宮腔內人工授精常採用促排卵治療，可能會引起卵巢過度刺激綜合徵，其中嚴重過度刺激綜合徵的發生率約爲1%，可以通過超聲波監測卵泡發育進行監測。多胎妊娠和流產也是其合併症之一。據專家介紹，人工授精無論是AID還是AIH，操作都不復雜，但絕對不安全，稍微不小心就有可能引起各種併發症。常見併發症爲
1、感染
主要與操作者的無菌觀念不強，精液中無法保持絕對無菌有關。有人工授精導致附件炎和盆腔炎的報道。人工授精後適用的抗生素具有一定的預防作用。
2、出血和損傷
主要與操作方法不當、使用不當(過於粗糙)與操作粗糙、不熟練有關。
3、下腹部疼痛
精液注入速度過快，壓力過大，子宮痙攣性收縮疼痛較多。若做子宮腔內授精，如注入的精液過多，精液可經輸卵管流入腹腔，引起刺激性下腹痛。
4、誘發子宮內膜異位症
這個比較少見，多因宮腔內授精注入精液過快過多、壓力過高所致。
5、潛在的醫學倫理學、遺傳學危險
在AID中，供精者的精液爲2名以上的女性授精後，這些女性出生的孩子從血緣關係中屬於同父異母的兄弟姐妹。由於AID的祕密性，這些同父異母的子女不能相互認識。他們長大後，如果偶然結婚的話，血緣結婚就會發生，對下一代的遺傳性有危害的可能性很低。
