口腔潰瘍因食物刺激而疼痛，影響工作和生活。潰瘍癒合期間，藥物控制可促進癒合。此外，治療還可以延長間隔時間，減少復發次數。
口腔潰瘍的病因相對複雜，許多不同的病因導致相同的口腔潰瘍。臨牀上常根據不同誘因，分別作出治療，以達到治癒目的。在家庭中也應考慮口腔潰瘍的病因總結治療經驗，或在醫生指導下獲得治療效果。
口服維生素B/C可增強機體抵抗力，有助於潰瘍癒合。
疼痛明顯，潰瘍較多，間歇期較短的可試用左旋咪唑，轉移因子或胸腺素等免疫調節藥物治療，亦可使用糖皮質激素，如強的鬆治療。另外，全身的其他治療也很重要，如給予鎮靜、安眠、調節神經和消化道功能的藥物。發病時應避免吃刺激性食物，最好戒菸、酒等。
在潰瘍上塗擦止痛、消炎的藥物，可防止繼發感染，減輕症狀。
如使用5%黴素魚肝油糊劑的1%氯化鬆或強松膠劑的中成藥如冰硼散、錫類散、養陰肌散等。但是，爲了不損害健康的組織，不應該使用煤酸或硝酸銀燒灼潰瘍。
