我們知道蛋白質類的食物在經過燻烤之後，會產生一些對人體有害的物質，比如：3-4苯並芘和其它多環芳徑類化合物。這類食物並不是一點都不能吃，否則的話連中餐的炒菜、西餐的煎肉、麪包、咖啡都別碰了，那麼，怎麼吃樟茶鴨子才會更健康一些呢?
一般，從營養配餐的角度而言，像鴨子這類蛋白質食物需要搭配低蛋白、高維生素和膳食纖維的食物。比如：新鮮的蔬菜、菌藻類、水果等等。可是，對於經過燻烤的樟茶鴨子還要有一些特別的關照。如果説在炸鴨子之前，將薰好的鴨子仔細清洗會更安全，但炸出來的鴨子立時風味大減，所以誰會那麼做呢?那麼，既然如此還是想點別的招吧。
比如説，在吃燻烤、煎炸食物的時候，多搭配一些富含多酚類抗氧化物、維生素C和水分的新鮮蔬菜和水果就比較合理。這一類抗氧化物可以稍微緩解有害化合物對人體的傷害。
作為薰炸食物，樟茶鴨子會有一些愛好健康的人士詬病，但在它傳統的搭配中卻也有可取之處，比如發麪的荷葉夾餅。麪糰發酵後，其中影響礦物質吸收的植酸被去除，而能夠幫助能量代謝的B族維生素大量增加，從而使這道菜的搭配比例更趨於合理。樟茶鴨子的搭配也是主食入菜的典範，可以在酒席桌上，讓大家不知不覺就吃夠了主食，而不是酒足菜飽之後一點飯都吃不了了。
