手足口病是否需住院治療與病情輕重有關。多數患兒病情較輕，遵醫囑在家自行隔離用藥治療即可；少數患兒病情嚴重，需儘快住院治療。
大多手足口患兒的病情較輕，僅有輕度發燒、厭食、皮疹、流口水、咽喉疼痛的症狀，發熱時可在一週左右退熱，整個病程爲7-10天，預後效果良好，患病後遵醫囑口服抗病毒口服液，在家自行隔離治療即可。
如因腸道病毒71型感染引起的手足口病，伴隨高燒不退、精神萎靡、外周白細胞計數明顯或降低，確診爲重症手足口病後，需及時住院治療。因這類疾病病程進展快，可合併病毒性腦膜炎、心肌炎、肺炎、肺水腫等併發症，治療不及時可有致死風險。
