一般情況下，結膜囊腫形成有先天性原因，也有後天性原因，如結膜外傷、炎症刺激、寄生蟲入侵、腺體阻塞、內分泌紊亂。具體分析如下：
結膜囊腫是一種良性腫瘤，有些寶寶出生後不久，就會在結膜處出現囊腫，這可能是先天性的結膜囊腫。主要是在胚胎期眼部發育出現異常導致。先天性的結膜囊腫常會伴隨着小眼球、眶瞼囊腫等併發症出現，對視力影響比較大，需要儘早治療。
1.結膜外傷：在做結膜手術的時候，讓結膜受損；或者在日常生活中不小心，讓結膜出現外傷，都可能會讓結膜上皮植入結膜下，時間長了就可能會出現植入性的結膜囊腫。
2.炎性刺激：患有結膜炎後，結膜長時間受到炎性刺激，結膜上皮細胞會向內生長，這時也可能會出現結膜囊腫。這類囊腫常會出現在下瞼結膜處。
3.寄生蟲入侵：平時不注意眼部衛生，讓寄生蟲入侵眼部，就可能會誘發結膜囊腫。還有的患者是在飲食上不注意，導致寄生蟲入體，進入結膜引起，比如吃了帶有豬囊尾蚴的肉後，就可能會患上這種疾病。患者的結膜處出現圓球型的囊腫，一旦確診應儘早手術切除。
4.腺體阻塞：患有結膜炎、角膜炎等感染性疾病後，常會因爲炎症刺激，導致腺體口堵塞；還可能在疾病治癒後留下瘢痕，瘢痕收縮也可能會讓結膜腺體口堵塞。此時分泌物不能順利排出，時間長了就會出現囊腫。
5.內分泌紊亂：情緒不穩、經常熬夜、過度疲勞或者患有代謝性疾病時，都可能會導致內分泌紊亂，這也會讓結膜的腺體代謝異常，有可能會引發結膜囊腫。
