一般來說，可以通過調整情緒、做好保暖工作、期間避免劇烈運動、經期保持健康的心態、少流產、經期保持健康的心態、避免受到驚嚇、經期禁止性生活這些方式預防巧克力囊腫。
1、調整情緒：注意調整自己的情緒，保持樂觀開朗的心態，使機體免疫系統的功能正常。
2、做好保暖工作：要注意自身保暖，避免感寒着涼。
3、期間避免劇烈運動：月經期間，禁止一切劇烈體育運動及重體力勞動。
4、經期保持健康的心態：如已查出患有子宮內膜異位症，卵巢巧克力囊腫大於6cm以上者，在月經期或月經中期一定要注意保持情緒穩定，避免過度勞累，一旦囊腔內張力突然升高時，囊壁破裂，會形成急腹症。
5、少流產：儘量少做人工流產和刮宮，做好計劃生育。
7、經期保持健康的心態：月經期要做好自身的保健，注意控制自己的情緒，不要生悶氣，否則會導致內分泌的改變。
8、避免受到驚嚇：女孩子青春期要避免受驚嚇，以免導致閉經可形成溢流。
9、經期禁止性生活：女性月經期一定要禁止性生活。
