患者喝藿香正氣水不能有效緩解痛經，而且不建議在月經期喝。部分藿香正氣水中含有一定酒精成分，由於酒精有活血化瘀作用，因此部分患者誤以爲，喝藿香正氣水可以幫助緩解痛經，酒精雖然可以活血化瘀，但並不能有效緩解痛經，同時由於酒精刺激性，反而有可能對月經造成不利影響，例如導致月經量增大、經期延長、月經淋漓不盡等。
藿香正氣水中由於含有藿香、蒼朮、法夏等寒涼類藥物，患者在月經期喝還可能導致寒邪，造成痛經、月經排出不暢等不良狀況。藿香正氣水有溫中化溼和解表散寒作用，因此平時可以用於外感風寒、內傷溼滯的症狀，例如患者中暑、夏季感冒，平時有胃腸型感冒，存在胸悶、嘔吐等症狀，也可以通過藿香正氣水幫助緩解。
