灰指甲一般是由皮膚癬菌和非皮膚癬菌等真菌感染引起的甲病變，目前灰指甲病人中60%~90%是由皮膚癬菌感染引起，由皮膚癬菌引起的病人治癒率可達90%。能引起灰指甲的病原真菌有許多種，其中最常見的有紅色毛癬菌(85%)、石膏樣毛癬菌、絮狀表皮癬菌等。其他如許蘭毛癬菌、紫色毛癬菌、斷髮毛癬菌、玫瑰色毛癬菌及同心性毛癬菌也可致灰指甲。此外，還有幾種真菌常在甲營養不良的情況下引起甲的病變，如白色念珠菌、黃麴黴菌、薰煙色麴菌等。這些菌就生存在我們身邊，如土壤裏、浴池及游泳池的地面、動物(常見於貓、狗、豬等)身上，以及患有皮膚真菌病病人的皮疹內。
灰指甲易復發的幾個因素
1、感染：灰指甲治癒，但沒有同時治癒手足癬，導致指(趾)再度被感染，是造成甲癬復發的重要因素。
2、鞏固：有的患者，在指(趾)甲快完全恢復正常形態時，即以爲徹底治癒，便停止了用藥，沒有鞏固用藥一段時間，也會產生復發。
3、甲營養不良：因患有其它疾病等原因，引起甲營養不良，使甲板自身防禦致病真菌的能力下降，而使灰指(趾)甲復發。
4、外傷：再次外傷引起致病真菌侵入甲板引起復發，這種情況一般較少。
5、化學物質刺激：長期接觸汽油、油漆、洗滌劑和強鹼性肥皂等物質，改變了正常皮膚甲板表面的酸鹼度和防禦能力。
