目前乙肝的治療上存在對抗病毒治療的重要性及療程認識不夠。慢性乙肝的形成，最關鍵一點就是病毒不能被機體免疫系統清除而長期潛伏於體內，反覆破壞肝細胞。引起血液中酶水平的升高，如谷丙轉氨酶、穀草轉氨酶等。酶的升高反映的是肝細胞受損，降酶治療只是一種對症治療，轉氨酶降至正常也並不等於慢性肝炎治癒，病毒仍然潛伏於肝細胞內，隨時可能引起再次明顯肝損害及轉氨酶升高。
治療乙肝，最重要的是抗病毒治療，只有把病毒抑制甚至清除，才能解決肝細胞反覆受損、肝炎反覆活動，轉氨酶反覆升高的現象。
抗病毒治療的艱鉅性和醫學侷限性，對於治療慢性乙型肝炎，要樹立只要有適應症就需要抗病毒治療的基本觀念，也要樹立長期治療，與病毒持久作戰的觀念，不可相信一些不負責任的醫生宣揚的所謂特效療法。急性乙肝是一種自限性疾病，其自然陰轉率在90%以上，而慢乙肝表面抗原很難陰轉，自然陰轉率在1～3%，是需要長期治療的。
符合抗病毒治療的乙肝患者需行採用乙肝抗病毒治療藥物進行治療，才能實現疾病的康復。
