嬰兒出現消化不良的時候，可以在醫生指導下服用益生菌，達到改善消化不良的目的。常用益生菌包括雙歧桿菌、枯草桿菌、布拉氏酵母菌等，能夠調節大便紊亂、腹瀉、腹痛、厭食等情況，並改善腸道菌羣紊亂，抑制致病菌生長，提高腸道功能，改善消化不良，增加嬰兒食慾。
雙歧桿菌屬於人體有益菌，在人和動物的消化道、口腔中都有分佈，能夠促進嬰兒對礦物質的吸收，從而刺激胃腸道蠕動，改善消化不良的症狀；並抑制機體內有害細菌的生長。
枯草桿菌能夠合成各種酶類物質，可以與人體消化道中的消化酶類一同發揮作用，促進食物的消化、吸收，調理嬰兒消化不良。
布拉氏酵母菌能夠調節腸道菌羣，常用於緩解消化不良及腹瀉症狀，但對乳糖或果糖過敏的嬰兒不能應用；因其藥物成分內含有果糖和乳糖。
