兒童注射疫苗三天後咳嗽一般與疫苗無關，可能是着涼感冒、流感或支氣管炎等疾病所致，要根據具體病因採取處理措施。
兒童注射疫苗後身體抵抗力相對較差，不注意保暖容易着涼感冒，呼吸道存在炎症，引起黏膜充血、水腫，導致咳嗽。舌苔發白、舌質淡，考慮是風寒感冒引起的咳嗽，建議服用杏蘇止咳顆粒或小青龍顆粒；若舌苔發黃、舌質發紅，多半是風熱感冒引起，可服用小兒清肺化痰口服液或小兒肺熱咳喘口服液。
如正處於流感高發期，接種疫苗時可能會與流感患者接觸，孩子因此患上流感。建議在發病早期服用奧司他韋等抗病毒藥物進行治療，在感染後的48小時內用藥效果較好，但要保證足量和足療程使用。如咳嗽症狀嚴重，還需口服止咳化痰類藥物，如肺力咳合劑等。
兒童注射疫苗三天後受到病原體感染，可能會引發支氣管炎，氣道內有炎性分泌物，造成反射性咳嗽。需應用廣譜抗生素進行治療，若爲支原體感染所致，則需選擇大環內酯類抗生素。
